10℃以下で保存する：ヨーグルト中の乳酸菌は生きているので、保存温度の低いほうが発酵の進みが遅く、製造時の新鮮な味を保つことができます。温度が高いと乳酸菌の活動が活発になって酸度が高くなり、乳酸菌も減少し、味が酸っぱくなったり水分（ホエイ）が分離する原因になります。
振動を加えない：ヨーグルトに振動を加えると、水分（ホエイ）が分離（離水）してきます。冷蔵庫で保存するときは、ドアポケットに入れないようにしましょう。
しっかりとふたを閉める：空気中の雑菌が入ると風味が変わり、カビなどが生える原因にもなります。また、ヨーグルトは他の乳製品と同様、匂いを吸着しやすい性質があります。保存時はふたをしっかりと閉めてください。

ヨーグルトの上に出てくる水分は、ホエイ（乳清）です。
ヨーグルトは主として牛乳のたんぱく質であるカゼインが、乳酸菌の生成した乳酸により固まってできたもので、この固まりをカードといいます。
カードには原料乳中の水分や水溶性たんぱく質のα-ラクトアルブミン、β-ラクトグロブリンなどが包み込まれています。発酵が進むにつれてカードが多少収縮し、ホエイが外に分離してきます。
スプーンでヨーグルトをすくうと、その切断面からホエイが分離することがあります。これはカードが切断されたことで、中に含まれているホエイを包みきれなくなって出てくるものです。また、未開封でもホエイが分離していることがありますが、これは取り扱い時の振動などでホエイが出てきたためです。
ホエイの中には水溶性のたんぱく質やミネラル（特にカルシウム）、ビタミンなどの栄養が含まれているので、捨てずに食べましょう。

ヨーグルトは良質のたんぱく質、カルシウムなどを豊富に含み、しかも消化吸収が良い食品です。日本ではデザートとしてそのまま食べることが多いようですが、中央アジアやヨーロッパでは料理にもよく使われています。料理に入れて加熱してもヨーグルトの栄養は変わりません。乳酸菌は生きていなくても生理的効果は期待できます。
甘味を加えていないプレーンヨーグルトは、いろいろな料理に使えます。

• ドレッシングの材料に：マヨネーズに好みの量を加えたり、市販のドレッシングに加えたりすると、脂質が抑えられ、しかもカルシウムが摂れます。
• 和風料理のあえごろもに：しょうゆ、みそ、わさび、すりごまなどと混ぜてあえごろもにします。
• 煮込み料理に：カレーやシチュー、ボルシチの仕上げに加えると、風味が増してまろやかさが出ます。
• 下ごしらえに：肉、魚、レバーなどをつけておくと、臭みがとれ肉質が柔らかくなります。
• お菓子、飲物に：ゼリー、ケーキ生地などのお菓子、ヨーグルトシェイクやラッシーなどの飲み物に加えてもよいでしょう。